COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 24.532843 24.532843 26.318831
2020-12-28 17:00:00 28.939828 28.939828 26.202557
2020-12-27 17:00:00 36.001939 25.105951 25.968479
2020-12-26 17:00:00 30.785350 30.785350 25.641063
2020-12-25 17:00:00 28.538234 28.538234 25.377598
2020-12-24 17:00:00 23.372417 23.372417 25.071806
2020-12-23 17:00:00 21.780931 21.780931 24.748858

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 13.782991 13.782991 20.767305
2020-12-28 17:00:00 13.621262 13.621262 20.616363
2020-12-27 17:00:00 18.939394 18.939394 20.421205
2020-12-26 17:00:00 24.817518 24.817518 20.107191
2020-12-25 17:00:00 27.493917 27.493917 19.983653
2020-12-24 17:00:00 17.825739 17.825739 19.491522
2020-12-23 17:00:00 26.288660 26.288660 19.202994

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 26.459144 26.459144 19.747787
2020-12-28 17:00:00 30.909091 30.909091 18.937417
2020-12-27 17:00:00 23.684211 23.684211 18.461636
2020-12-26 17:00:00 44.642857 44.642857 18.198620
2020-12-25 17:00:00 18.956044 18.956044 17.216529
2020-12-24 17:00:00 20.889488 20.889488 16.331712
2020-12-23 17:00:00 14.754098 14.754098 15.790671

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 6.432518 9.254144 12.688763
2020-12-28 17:00:00 14.560440 14.560440 12.781383
2020-12-27 17:00:00 23.645971 23.645971 12.688167
2020-12-26 17:00:00 16.772824 16.772824 12.474801
2020-12-25 17:00:00 12.703905 12.703905 12.124191
2020-12-24 17:00:00 13.125336 13.125336 11.686662
2020-12-23 17:00:00 8.682360 8.682360 11.355947

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 25.901368 25.901368 15.172389
2020-12-28 17:00:00 22.013218 22.013218 14.445331
2020-12-27 17:00:00 31.827515 31.827515 13.367338
2020-12-26 17:00:00 24.976830 24.976830 12.654028
2020-12-25 17:00:00 8.632047 8.632047 12.374621
2020-12-24 17:00:00 8.492507 8.492507 11.858535
2020-12-23 17:00:00 22.838185 22.838185 11.637124

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 23.311604 23.311604 33.740704
2020-12-28 17:00:00 28.376844 28.376844 34.372152
2020-12-27 17:00:00 68.867418 31.027811 34.730789
2020-12-26 17:00:00 48.954558 48.954558 34.831239
2020-12-25 17:00:00 46.788385 46.788385 35.050590
2020-12-24 17:00:00 29.047210 37.219534 35.134599
2020-12-23 17:00:00 23.693599 23.693599 34.709912

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 31.724582 31.724582 33.447180
2020-12-28 17:00:00 32.465278 32.465278 33.253992
2020-12-27 17:00:00 39.669421 39.669421 33.330719
2020-12-26 17:00:00 36.245955 36.245955 31.171325
2020-12-25 17:00:00 37.897469 37.897469 31.532333
2020-12-24 17:00:00 32.259317 32.259317 31.427872
2020-12-23 17:00:00 33.311646 33.311646 31.479057

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 21.580439 21.580439 23.041476
2020-12-28 17:00:00 21.329212 21.329212 23.097027
2020-12-27 17:00:00 26.391140 26.391140 22.905680
2020-12-26 17:00:00 27.511024 27.511024 22.562522
2020-12-25 17:00:00 24.150243 24.150243 22.313817
2020-12-24 17:00:00 23.283262 23.283262 21.681018
2020-12-23 17:00:00 16.004060 16.004060 21.145093

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 30.168150 30.168150 24.674244
2020-12-28 17:00:00 25.859492 25.859492 23.868792
2020-12-27 17:00:00 24.688279 24.688279 23.893844
2020-12-26 17:00:00 31.192661 23.170732 23.648830
2020-12-25 17:00:00 36.003236 20.186084 23.541501
2020-12-24 17:00:00 29.927007 29.927007 24.038817
2020-12-23 17:00:00 23.170732 23.170732 24.106519

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 21.941697 21.941697 23.995487
2020-12-28 17:00:00 26.164384 26.164384 22.700427
2020-12-27 17:00:00 23.138034 23.138034 22.394781
2020-12-26 17:00:00 26.784523 26.784523 22.021315
2020-12-25 17:00:00 26.942793 26.942793 21.797674
2020-12-24 17:00:00 24.291202 24.291202 21.762246
2020-12-23 17:00:00 21.041830 21.041830 21.827869

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 19.148134 19.148134 14.938679
2020-12-28 17:00:00 27.637131 27.637131 14.730608
2020-12-27 17:00:00 33.456562 33.456562 14.298230
2020-12-26 17:00:00 16.220472 16.220472 13.832396
2020-12-25 17:00:00 11.912288 11.912288 13.454804
2020-12-24 17:00:00 11.382337 11.382337 13.273545
2020-12-23 17:00:00 12.474950 12.474950 13.037255

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 2.723735 2.723735 8.369249
2020-12-28 17:00:00 12.500000 12.500000 9.124015
2020-12-27 17:00:00 2.083333 2.083333 9.133590
2020-12-26 17:00:00 7.887324 7.887324 9.003897
2020-12-25 17:00:00 14.406780 14.406780 9.003042
2020-12-24 17:00:00 10.351035 10.351035 8.938257
2020-12-23 17:00:00 3.840683 3.840683 8.697267

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 51.123596 51.123596 27.745517
2020-12-28 17:00:00 29.850746 29.850746 27.669329
2020-12-27 17:00:00 24.463519 24.463519 28.806748
2020-12-26 17:00:00 -2.774566 5.970149 29.768785
2020-12-25 17:00:00 11.942257 44.390244 30.642698
2020-12-24 17:00:00 25.539568 25.539568 32.192485
2020-12-23 17:00:00 24.349442 24.349442 34.124710

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 36.764706 36.764706 47.062461
2020-12-28 17:00:00 66.000000 66.000000 45.686727
2020-12-27 17:00:00 82.692308 82.692308 45.870881
2020-12-26 17:00:00 33.972603 33.972603 44.166085
2020-12-25 17:00:00 68.750000 68.750000 44.241867
2020-12-24 17:00:00 68.194842 68.194842 42.693826
2020-12-23 17:00:00 27.351916 27.351916 42.740366

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 38.112523 38.112523 31.471611
2020-12-28 17:00:00 23.911383 23.911383 30.982578
2020-12-27 17:00:00 29.690461 29.690461 31.053703
2020-12-26 17:00:00 34.577114 34.577114 30.631983
2020-12-25 17:00:00 39.361224 39.361224 30.937349
2020-12-24 17:00:00 30.036942 30.036942 29.055583
2020-12-23 17:00:00 30.155139 30.155139 27.281877

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 20.593896 20.593896 30.958153
2020-12-28 17:00:00 21.245059 21.245059 31.142941
2020-12-27 17:00:00 14.313472 51.133420 31.366640
2020-12-26 17:00:00 63.477246 63.477246 31.547458
2020-12-25 17:00:00 63.544940 63.544940 31.610095
2020-12-24 17:00:00 35.893648 35.893648 31.260901
2020-12-23 17:00:00 19.966087 19.966087 31.057614

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 5.248869 5.248869 9.029337
2020-12-28 17:00:00 14.233577 14.233577 9.325355
2020-12-27 17:00:00 10.526316 10.526316 9.329670
2020-12-26 17:00:00 8.257757 8.257757 9.466087
2020-12-25 17:00:00 12.390185 12.390185 9.311002
2020-12-24 17:00:00 8.999456 8.999456 9.198844
2020-12-23 17:00:00 7.025333 7.025333 9.103876

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 19.268009 19.268009 19.121497
2020-12-28 17:00:00 17.506060 17.506060 18.920507
2020-12-27 17:00:00 19.802555 19.802555 18.721971
2020-12-26 17:00:00 13.474610 31.667333 18.658332
2020-12-25 17:00:00 17.081851 17.081851 18.331024
2020-12-24 17:00:00 17.741265 17.741265 18.030694
2020-12-23 17:00:00 16.044070 16.044070 17.777678

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 10.399079 10.399079 14.108500
2020-12-28 17:00:00 13.660377 13.660377 14.447550
2020-12-27 17:00:00 14.654616 14.654616 14.312425
2020-12-26 17:00:00 21.213720 21.213720 14.253117
2020-12-25 17:00:00 16.106148 16.106148 14.209937
2020-12-24 17:00:00 15.471283 15.471283 14.229132
2020-12-23 17:00:00 10.786015 10.786015 14.133917

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 16.479017 16.479017 17.245384
2020-12-28 17:00:00 30.877193 30.877193 17.391720
2020-12-27 17:00:00 10.778443 10.778443 17.058976
2020-12-26 17:00:00 11.805556 11.805556 17.307505
2020-12-25 17:00:00 26.697353 26.697353 17.226777
2020-12-24 17:00:00 16.013344 16.013344 17.239238
2020-12-23 17:00:00 15.668663 15.668663 17.161591

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 -11.009174 23.394495 31.122326
2020-12-28 17:00:00 89.705882 89.705882 28.909064
2020-12-27 17:00:00 21.600000 21.600000 28.058265
2020-12-26 17:00:00 58.536585 58.536585 25.843799
2020-12-25 17:00:00 33.333333 33.333333 24.662486
2020-12-24 17:00:00 26.717557 26.717557 23.067105
2020-12-23 17:00:00 7.586207 7.586207 21.892872

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-29 17:00:00 69.868421 69.868421 68.351833
2020-12-28 17:00:00 82.674591 82.674591 68.334678
2020-12-27 17:00:00 81.469727 81.469727 69.171688
2020-12-26 17:00:00 45.255605 45.255605 68.300806
2020-12-25 17:00:00 125.281320 83.695924 68.227211
2020-12-24 17:00:00 63.233355 63.233355 68.312741
2020-12-23 17:00:00 64.273406 64.273406 68.174847

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 13.782991 13.782991 20.767305
Basilicata 26.459144 26.459144 19.747787
Calabria 6.432518 9.254144 12.688763
Campania 25.901368 25.901368 15.172389
Emilia-Romagna 23.311604 23.311604 33.740704
Friuli Venezia Giulia 31.724582 31.724582 33.447180
Lazio 21.580439 21.580439 23.041476
Liguria 30.168150 30.168150 24.674244
Lombardia 21.941697 21.941697 23.995487
Marche 19.148134 19.148134 14.938679
Molise 2.723735 2.723735 8.369249
P.A. Bolzano 51.123596 51.123596 27.745517
P.A. Trento 36.764706 36.764706 47.062461
Piemonte 38.112523 38.112523 31.471611
Puglia 20.593896 20.593896 30.958153
Sardegna 5.248869 5.248869 9.029337
Sicilia 19.268009 19.268009 19.121497
Toscana 10.399079 10.399079 14.108500
Umbria 16.479017 16.479017 17.245384
Valle d'Aosta -11.009174 23.394495 31.122326
Veneto 69.868421 69.868421 68.351833

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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